Mark Gordon gặp người vợ đầu tiên của mình, Sarah Hildreth Gilmore tại trường Middlebury College. Họ kết hôn vào ngày 07 tháng 03 năm 1981 tại Nhà thờ Second Congregational ở Greenfield, Massachusetts, nơi bố mẹ bà cư trú. Hai người có với nhau hai cô con gái. Năm 1993, bà qua đời trong một vụ tai nạn ô tô.[13] Đến năm 1998, ông gặp người vợ hiện tại của mình, Jennie Muir Young trước đây và họ kết hôn vào năm 2000. Họ cùng nhau sở hữu Trang trại Merlin phía Đông thành phố Buffalo ở quận Johnson, Wyoming. Năm 2009, trang trại của họ đã nhận được giải thưởng Quản lý xuất sắc trong Rangeland của Hiệp hội Quản lý Wyoming.[14] Vào ngày 25 tháng 11 năm 2020, trong trận Đại dịch COVID-19, Mark Gordon đã có kết quả xét nghiệm dương tính với vi rút này vào cùng ngày văn phòng của ông được mở cửa trở lại sau khi một nhân viên của ông đã có kết quả dương tính trước đó.[15] Văn phòng của Gordon tạm thời đóng cửa để xử lý bệnh sau khi ông chẩn đoán.[16]